中國人民解放軍總醫(yī)院前身是中國協(xié)和醫(yī)學(xué)院第二臨床學(xué)院，1953年10月，總后方勤務(wù)部衛(wèi)生部決定將“中國協(xié)和醫(yī)學(xué)院第二臨床學(xué)院”改為“軍委直屬醫(yī)院”。1954年7月，總后方勤務(wù)部衛(wèi)生部將“軍委直屬醫(yī)院”改為“中國人民解放軍第三0一醫(yī)院”。1957年6月，國防部批示“中國人民解放軍第三0一醫(yī)院”番號撤銷，改稱為“中國人民解放軍總醫(yī)院”。軍醫(yī)進修學(xué)院是以解放軍總醫(yī)院為依托建設(shè)和發(fā)展起來的，始建于1958年11月，1962年停辦。1979年6月，經(jīng)中央軍委批準(zhǔn)恢復(fù)軍醫(yī)進修學(xué)院。1986年9月批準(zhǔn)正式列入全軍院校編制序號。2004年全軍整編將三0四、三0九醫(yī)院更名為三0四、三0九臨床部，對外稱解放軍總醫(yī)院第一、二附屬醫(yī)院，列入解放軍總醫(yī)院編制序列。