醫(yī)院源于1946年，曾用名“寶安縣衛(wèi)生院”、“寶安縣人民政府衛(wèi)生院”、“南頭衛(wèi)生院”、“南頭公社中心衛(wèi)生院”、“南頭地段衛(wèi)生院”、“南頭區(qū)人民醫(yī)院”，1992年改現(xiàn)名“深圳市南山區(qū)人民醫(yī)院”，2004年增名為“深圳市第六人民醫(yī)院”。2009年9月，掛牌“華中科技大學(xué)協(xié)和深圳醫(yī)院”。2012年12月，成為廣東醫(yī)學(xué)院非直屬臨床醫(yī)學(xué)院。