醫(yī)院始建于1888年，前身為“中華基督教禮賢會東莞普濟(jì)醫(yī)院”，是我國早建立的西醫(yī)院之一，也是我國第一家德國教會醫(yī)院。經(jīng)過130多年的積淀，現(xiàn)已發(fā)展成為集醫(yī)療、教學(xué)、科研及預(yù)防保健為一體的大型綜合性三級甲等醫(yī)院。2020年12月，東莞市人民政府與南方醫(yī)科大學(xué)簽訂合作共建協(xié)議，醫(yī)院成為南方醫(yī)科大學(xué)附屬東莞醫(yī)院。2021年3月，醫(yī)院入選廣東省高水平醫(yī)院重點(diǎn)建設(shè)醫(yī)院。2022年1月，BNCT中心項目、科教綜合樓和急救中心工程TOD項目正式啟動。