上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院的前身“伯特利醫(yī)院”創(chuàng)建于1920年。1952年更名為上海第九人民醫(yī)院，1964年正式成為上海第二醫(yī)科大學附屬第九人民醫(yī)院，2005年上海第二醫(yī)科大學與上海交通大學正式合并，改名為上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院。2014年11月，經(jīng)上海市人民政府同意，上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院與上海交通大學醫(yī)學院附屬第三人民醫(yī)院(前身寶鋼醫(yī)院，屬三級綜合性醫(yī)院)資源整合，南北院區(qū)，統(tǒng)一布局，統(tǒng)一管理。2015年10月，上海市機構(gòu)編制委員會批復市教委同意上海交通大學醫(yī)學院附屬第三人民醫(yī)院整建制并入上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院