醫(yī)院始建于1959年，1996年經(jīng)廈門市政府批準(zhǔn)，廈門市婦幼保健所更名為廈門市婦幼保健院。2004年5月，醫(yī)院遷入鎮(zhèn)海路10號，現(xiàn)占地面積1.2萬平方米，建筑面積6.1萬平方米。至2010年，醫(yī)院編制床位500張。