醫(yī)院現(xiàn)共有三大院區(qū)。總院坐落于西子湖畔，毗鄰繁華的武林商業(yè)圈。前身是八十年代初建立的浙江醫(yī)科大學(xué)附屬口腔門(mén)診部。1996年，在原浙江醫(yī)科大學(xué)游泳池地塊上正式動(dòng)工建設(shè)浙江醫(yī)科大學(xué)附屬口腔醫(yī)院。1998年，浙江大學(xué)完成了世人矚目的“四校合并”，浙江醫(yī)科大學(xué)并入新組建的浙江大學(xué)。1999年，新建成的附屬口腔醫(yī)院相應(yīng)更名為浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬口腔醫(yī)院。2006年，醫(yī)院在浙江大學(xué)校醫(yī)院華家池院區(qū)三樓設(shè)立華家池口腔診療中心。為進(jìn)一步緩解總院的就診壓力，滿足群眾不斷增強(qiáng)的口腔診療需求，2013年，醫(yī)院位于拱墅區(qū)的城西分院正式開(kāi)診運(yùn)營(yíng)。